钙是豚鼠饮食中维持骨骼和牙齿健康的重要组成部分。如果过于频繁地喂食富含钙的食物，豚鼠患尿路结石的风险就会增加。我们经常会和豚鼠宠物主人说，铺上一块色彩斑斓的尿垫或者绒毯可能比那种塑料厕所对豚鼠来说更安全，不止是厕所的镂空可能导致它们的腿脚出现扭伤，更重要的是能经常观察到豚鼠的尿液是否健康。养过豚鼠的人应该都在尿垫上发现过类似沙砾一样的白色污渍，或者是在它们身上的绒毛里发现发现一些硬白点，这就是它们通过尿液排出的钙。
豚鼠的尿液天然呈碱性，钙不能溶解，相反会成团状，也成为结石。结石会出现在豚鼠的尿道、膀胱或者肾里，很小的时候可以通过豚鼠撒尿被排出体外，然而较大的结石则会卡在尿道里或者引起膀胱炎，出血，甚至尿闭。所以我们需要经常观察豚鼠尿的痕迹，是否有坚硬的沙质的白色污渍，观察它是否在排尿的时候表现痛苦和呻吟，这也是为什么说铺一块色彩斑斓的绒布会更好，稍微有些白色痕迹就能明显看出。
钙是豚鼠生存的必要矿物质，是多种身体所必须的，例如调节肌肉收缩和心跳，确保血液凝固，有助于骨骼和牙齿发育，别忘记豚鼠的牙齿是终生生长，所以缺钙对它们来说是毁灭性的打击。豚鼠摄入钙的主要来源是乳制品，苜蓿草，以及含有钙的蔬菜水果，例如甘蓝、菠菜、香菜、甜菜根、橙子等等。反之如果豚鼠的体内钙过多，宠物主人就需要尽量避免吃这些食物。
除了结石外，一些1岁以上的雄性豚鼠通常会在没有任何疾病表现的情况下突然死亡，这可能是它患上了转移性钙化症，这是种钙沉积引起的身体组织硬化的疾病。如果出现症状可能包含：体重减轻、肌肉或关节僵硬、因为肾衰原因排尿增多。疾病的确切成因还不能确定，可能和饮食中钙、磷或者维生素D过多，而镁含量不足有关。大多数正规品牌高质量的豚鼠粮里都含有适当的这些成分，只有当宠物主人购买低端杂牌鼠粮，或者使用非小宠物维生素和微量元素（例如人用或者猫狗用），时候可能会发生。
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一般说到豚鼠腹泻多数都认为是大肠杆菌感染引起的，还有另外一种细菌感染时人畜共患疾病，在给豚鼠进行治疗时候也需要对宠物主人做好消毒和适当防护。
沙门氏菌感染豚鼠的情况很少见，但是偶尔会遇到这种情况，症状包括眼睛发炎、发烧、精神萎靡、食欲下降、毛发粗糙、B超肝脾肿胀，以及淋巴结肿大，腹泻呕吐中可能带血。沙门氏菌感染豚鼠主要通过2个渠道：1是带豚鼠去户外玩耍时候，接触到野生啮齿动物，或者它们的粪便，公用饮水等；2是新鲜的蔬菜没有经过清洁消毒也可能会有沙门氏菌，并且传染给豚鼠（美国常见中国不多）。沙门氏菌传染性很强，可能豚鼠还没有疾病表现的时候就已经开始感染给其它动物了，并且会传染给人，所以接触生病豚鼠时，建议宠物主人做好卫生措施，洗手消毒或佩戴一次性手套。
豚鼠偶尔也会通过受污染的食物或者水感染假结核耶尔森氏菌（非鼠疫非黑死病）。这种细菌通过豚鼠或者其它啮齿动物的打架伤口、刮痕、或者吸入豚鼠体内传播，如果豚鼠被感染，可能出现多种表现：1感染传播到血液可能立刻猝死；2受感染的豚鼠可能在1个月内体重逐渐减轻，持续腹泻，最后死亡；3脖子和肩膀部位淋巴结肿大；4豚鼠本身有强大的抗体，可能被感染但是没有任何症状；
因为这些细菌的传染性很强，所以多数一旦确诊上述细菌感染，会建议感染的豚鼠甚至一起生活的豚鼠安乐死，并且对生活区域持续消毒。
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